在反相色谱中，甲醇与乙腈作为常用有机流动相，其差异主要体现在紫外吸收、洗脱能力、粘度与柱压、分离选择性等关键性能上，具体区别如下：
一、紫外吸收与检测灵敏度
乙腈的紫外吸收显著低于甲醇，尤其在短波长区域，其HPLC级溶剂的截止波长约为190 nm，而甲醇约为210 nm。这使得乙腈在低波长（如190-230 nm）检测时基线噪声更小，灵敏度更高，适合高灵敏度分析（如痕量物质检测）。例如，在200 nm波长下，乙腈流动相的基线漂移远小于甲醇，可降低检测限。甲醇则在220 nm以上的基线噪声较低，适合长波长检测。
二、洗脱能力
乙腈的洗脱能力通常强于甲醇，尤其在低有机相比例时：相同保留时间下，所需乙腈比例仅为甲醇的一半以下。但在高有机相比例（接近100%）时，甲醇对某些强疏水性化合物的洗脱能力更强。此外，乙腈的洗脱强度受温度影响较小，保留时间重现性更好。
展开剩余55%三、粘度与柱压
乙腈粘度低于甲醇（25℃时乙腈粘度0.37 cP，甲醇0.54 cP），与水混合后柱压更低，可减少系统压力负担，保护色谱柱和泵密封件。例如，甲醇/水混合液在高流速下柱压显著升高，而乙腈混合液可维持较低柱压，适合高效分离。
四、分离选择性
甲醇为质子性溶剂（可形成氢键），对酸碱或电负性强的化合物分离选择性更高；乙腈为非质子性溶剂（碳氮三键含未成键电子，可与空轨道化合物结合），适合分离不同类型官能团的化合物。两者选择性互补：当乙腈无法实现分离时，换用甲醇可能改善选择性，或通过混合调整流动相极性以优化分离。
五、毒性、价格与安全性
甲醇毒性较小，气味较轻，价格仅为乙腈的1/3-1/2，适合常规分析以降低成本。乙腈毒性较大，且HPLC级价较贵，但因其优异性能仍被广泛用于文献方法和仪器推荐流动相。此外，乙腈混合液可抑制微生物生长，减少系统污染风险4。
六、溶剂溶解性与峰形
甲醇对流动相添加剂中的盐类（如甲酸铵、乙酸铵）溶解性更好，可避免盐析出堵塞系统。乙腈则因粘度低、传质阻抗小，色谱峰更尖锐，柱效更高；而甲醇可能导致某些化合物（如水杨酸类）峰形拖尾。
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